Футболен клуб Царско село е създаден през 2015 година от Стойне Манолов. В първите си дни клубът съществува като Футболна академия и разполага само с детски и юношески формации. Впоследствие е организиран и мъжки представителен тим, който започва участието си от долните дивизии в А Окръжна група – София „Юг“, а за първи старши треньор на мъжкия отбор е назначен Тодор Янчев.
След обединение между Царско село и ФК София отборът участва в третото ниво на българския футбол.
През лятото на 2016 година е направена реформа в българския футбол и Царско село получава покана за участие в професионалните дивизии. След 3 години във Втора лига клубът успява да спечели историческа промоция за елита на България – efbet Лига. В началото клубът залага предимно на родни футболисти, но след класирането си в най-високото ниво на футболната ни пирамида, в Царско село акостират редица чужденци.